Al tempo di San Francesco la Chiesa era dedicata a S. Biagio con annesso convento/lebbrosario
benedettino.
S. Francesco vi fu ospitato più volte, dietro interessamento della nobildonna romana
Jacopa de’ Settesoli, in occasione delle sue venute a Roma per far approvare la sua seconda regola.
Le stanze da lui abitate sono divenute l’unico Santuario Francescano in Roma: qui è
conservato anche uno dei primi ritratti di San Francesco ad opera di Margaritone d’Arezzo.
Attorno alla metà del 1600 G. Lorenzo Bernini orna una delle cappelle della Chiesa con
L’ESTASI della BEATA LUDOVICA ALBERTONI che risulterà essere la sua ultima opera e che riprende l’estasi di S. TERESA D’AVILA (capolavoro che si trova nella Chiesa S. Maria della Vittoria).
La chiesa di San Francesco a Ripa ha altre Cappelle importanti (l’ultima è dedicata al pittore Giorgio De Chirico).